海上货物运输合同格式条款效力的理论基础并不是统一的。海上货物运输合同是一种商业合同，而格式条款订入商业合同中有几种不同的理论：其一为“共同理解理论（Common Understanding）”，其含义为，在商业合同中，只要相对人了解使用人是以某特定种类的格式条款作为合同的内容，格式条款即被认为是该合同的一部分。对该理论，有学者反对，有学者支持。其二为“系列交易理论（Course of Dealing）”。是指在商业合同中，如果当事人之间连续地和重复地进行同类系列交易，在该系列交易中，含有格式条款的合同被长期连贯地使用着，即使没有采取将该条款订入合同的通常步骤，该条款也被认为是合同的组成部分。其三是在“系列交易理论”的基础上发展起来的“解释知悉说”，它要求格式条款的使用人必须履行对相对人的提请义务。这一理论在英国法院得到认可，而且在斯珀林诉布拉德肖一案中法院即采用此说。我国台湾学者和大陆学者也支持该理论。
上述几种理论都是关于格式条款在一般商业合同中的法律效力情形。海上货物运输合同是一种特别的商业合同，有其独特性。笔者认为，“共同理解论”并不能适用于海上货物运输合同格式条款，原因在于海上货物运输法律关系复杂，不确定性因素多，而且海上货物运输常常涉及到第三人的利益。而且易产生纠纷，因为海上货物运输合同格式条款的效力大多情形下是相对的。“系列交易理论”较前一种理论有进步，但同样不能适应海上货物运输合同大量存在格式条款的现实，而且很难调解传统海上货物运输合同格式条款与被当事人修正以后的格式条款的冲突。笔者同样不同意“解释知悉说”。其原因在于海上货物运输法是具有强制性的法律规范。之所以如此，一方面与保护可转让提单的善意受让人的需要有关，另一方面强制性的规范能够减少格式条款所附带的风险。在“解释知悉说”下，相对人实际上是否真正理解了格式条款，是在所不问的。这与海上货物运输合同法的强制性是相互排斥的。我国《合同法》第40条规定：“格式条款具有本法第52条和53条规定情形的或者提供格式条款一方免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利的，该条款无效。该规定同样适用于海上货物运输合同格式条款的效力适用，也就是说，海上货物运输合同格式条款具有《合同法》第52条情形的，合同是无效的；同样海上货物运输合同格式条款具有《合同法》第53条情形的，合同中的免责条款无效。
另外，海上货物运输合同格式条款如果赋予提供格式条款一方免除其责任、加重对方责任、免除对方权利的，该条款也属无效。我国《海商法》并没有规定海上货物运输合同格式条款无效果的后果。但根据合同法理论，该条款无效果后果应为：首先，如果将无效的格式条款订入了海上货物运输合同中，该格式条款不生效力；其次，根本不允许无效的格式条款订入在海上货物运输合同中；最后，海上货物运输合同成立后，在无效的格式条款触及了海上货物运输合同的效力，将迫使该合同无效。当然，这必须明确海上货物运输合同格式条款的无效，并不等于海上货物运输合同的无效，二者是有区别的。
任何合同都有解释的问题。海上货物运输合同格式条款也不例外，对其进行解释是属于合同解释。法国民法典第1156条规定：“解释合同时，应探讨当事人的意愿，而不应拘泥于合同文字的字面意思。”这一规定，反映了意思自治的基本精神和意思表示理论的基本要求，是合同解释的基本原则。我国《合同法》第41条对合同中的格式条款做出专门的规定。同时《合同法》第125条对格式条款的解释也做了规定。显然，海上货物运输合同格式条款的解释应遵循以下原则。其一，遵循按照通常理解予以解释的原则。海上货物运输合同格式条款具有很强的专业性和技术性，往往有大量的航海技术和贸易金融知识于其中。这些专门性的知识可能非业外人所理解，这样应尽量保护当事人的合法利益。其二，应遵循不利于海上货物运输合同格式条款提供者的解释原则。其道理很明显：因为格式条款是由提供者预先拟好的，这势必使格式条款的提供者优先考虑自己的利益。在解释格式条款时只有坚持此原则才能保护相对方的利益，这也是法律解释所追求的公平合理的结果。德国一般契约条款法第5条规定：“一般契约条款之内容有疑义时，条款利用者承受其不利。”其三，应遵循海上货物运输合同非格式条款优先适用的原则。
所谓海上货物运输合同非格式条款，是指海上货物运输当事人经过特别协商达成一致而订入海上货运输合同的条款。实务中，往往表现为在海上货物运输合同范本基础上，就某一货物运输事宜双方订立的格式条款，或对合同范本业已存在的格式条款进行修改而成的。适用非格式条款优先的解释原则必须建立在海上货物运输合同格式条款与非格式条款之间具有相关性的基础上。同时格式条款与非格式条款之间具有相互排他性，而且海上货物运输合同格式条款与非格式条款能共存于一个海上货物运输合同中。海上货物运输合同非格式条款优先适用原则的理由主要是体现了公平原则。因为格式条款不是双方当事人协商的结果，易于体现格式条款提供单方的利益，而海上货物运输合同非格式条款是经过双方当事人协商的结果，基本体现了当事人双方的利益。
