如果合同已经明确约定了据以理算的规则时,则按约定的规则进行理算;如果合同未做约定,当事人在共损后又未达成有关协议的,则适用《海商法》的规定;如果合同或协议未约《海商法》又无规定时,则可参照国际通行的惯例进行理算。所谓国际通行的惯例,如《北京理算规则》、《约克—安特卫普规则》。
在我国,共同海损理算的专门机构为中国国际经济贸易促进委员会共同海损理算处。理算机构可以由当事人自行约定,无约定时,船东可自行选择理算机构,实践中,通常是共同海损宣告地的理算机构。但共同海损理算无法律效力,有关方如有异议,可向法院起诉。