小额信贷的蓬勃发展，为低收入人群、小企业和农户获得资金发挥了重要的作用。但也应看到，该项业务的发展还面临许多困难：一是机构身份尴尬，融资困难，融资成本高，二是税收负担重，杠杆率过低，经营有困难。
由于小微企业的融资需求十分旺盛，很多小额贷款公司成立两三个月以后就将全部资金贷出。但是，小额贷款公司是“只贷不存”的机构，目前缺乏相应机制能帮助小额贷款公司从其他金融机构得到较大规模的批发贷款，持续发展所需的资金长期困扰小贷公司。而且小额贷款公司并不属于“金融机构”的序列，这种“身份不明”的困扰，直接导致小额贷款公司承担了比一般商业银行高得多的税率。
对此，有专家建议将小额信贷组织进行公司制改造，给予小额信贷组织“合法身份”，并探索成立小额信贷的批发资金，同时适当减免小额贷款公司税收。的确，小额贷款机构正在成为信贷市场不可或缺的参与者，有必要为其营造良好的外部环境。同样值得关注的是，一般而言小额贷款机构的利率较银行利率要高出一些，加之内控机制不如银行等金融机构完善，存在较大的信贷操作风险。在发挥小额信贷“鲶鱼效应”和金融服务补充作用的同时，有关监管部门也应当加强监管，避免信贷风险的发生，让小额信贷机构真正实现可持续发展。此外，有些非法“地下钱庄”也打着“正规小贷公司”旗号招摇撞骗问题，也应引起监管层的注意。
