隐性存款保险制度是指没有法律说明或者正式的保险机构提供保险的存款保险制度，我国实施了该制度后不仅增加了国家财政负担，而且还会导致央行货币供应量超出预期目标。隐性存款保险制度弊端如下：

　　增加了国家财政负担
　　在我国隐性存款保险下，银行免费获得了国家提供的存款保险服务，由于没有事前明确规则，也没有设置专门的存款保险基金，当金融机构尤其是银行发生危机时，政府为了维持金融稳定和公众信心，中国人民银行或当地政府必须给予资金救助，导致最终损失由财政买单。据有关研究测算，1998年以来，中国为了保持银行业稳定、改善其资产质量和增强竞争力，投入的资金超过3万亿元。

　　导致央行货币供应量超出预定目标
　　隐性存款保险的最终成本是由财政或者中央银行承担，这必然会影响到货币供应量的变动。尤其是当中央银行进行再贷款时，会造成基础货币的增加，使得货币供应量以乘数效应放大，影响到货币政策的独立性和效率。
　　隐性存款保险制度对货币供应量的影响特别体现在经济过热时。经济过热时应当实行紧缩性的逆周期货币政策，如果金融机构因过度承担风险而破产，在隐性存款保险下的再贷款救助会进一步加剧流动性过剩，对货币政策的目标形成冲击。
　　我国在处理问题金融机构的实践中多次以再贷款的方式给予救助。1998年3月央行向发生挤兑的海南发展银行提供40亿元再贷款救助，在2004-2008年间为银行业提供数千亿注资，这些都增加了流动性，导致货币供应量超出预定目标。

　　破坏了公平竞争的市场环境
　　由于隐性存款保险在法律规范上有天然的缺陷，当银行出现危机时，政府往往会优先照顾规模较大的银行。在我国，表现为中央财政对五大国有银行给予巨额注资以及不良资产剥离，而中小银行只是可能得地方政府的救助。
　　因担保载体的差异，使得不同银行的保护程度存在差异。存款人更倾向于选择保护程度较高的国有大银行，这样就使得五大国有银行获得了绝大部分存款，市场占有率遥遥领先，导致我国银行业形成了寡头垄断的市场结构，2012年国有大型商业银行的资产份额占整个银行业的44.1%。