尼日利亚运输以公路为主，以水路、铁路运输为辅。交通运输较为紧张。
铁路：总长3500余公里，全国统一为1.067米轨距的单轨线。尼国家铁路公司在15个州有268个车站。但因年久失修，运行能力低。1995年，中国土木工程集团公司与尼政府签署协议，并开始对尼铁路系统进行全面修复。1999年客运量310万人次；货运量150万吨公里。
公路：总长19.3万公里，其中高速公路5.9万公里。已基本形成一个连接各州首府和首都阿布贾的交通网，利用率逾90%。公路运输分别占国内货运量的93%和客运量的96%。
水运：内河航线总长8575公里，承担内河航运的主要是贝努埃河和尼日尔河。全国有11个海港，总吞吐量为3200万吨。尼拥有一支10条船的海上运输船队，总吨位为44.2万吨。1998年海洋运输量（不含石油）1533万吨。主要港口有拉各斯的阿帕帕港、丁坎港、科科港、瓦里港、哈尔科特港、卡拉巴尔港和萨派勒港。
空运：尼日利亚航空公司为国有航空公司。近年来由于经营不善，亏损严重，现只有一架飞机勉强维持运营。尼政府已决定将其私有化。目前航空业的主力军为私营航空公司，主要运营国内航线及少量国际航线。1999年，尼私营航空公司客运量为250万人次，占国内客运总量的96.4%。在尼经营的外国航空公司有24家，国际航线基本被这些公司控制。全国有37个主要机场，主要分布在各州首府和联邦首都区，其中5个国际机场，分别在拉各斯、阿布贾、卡诺、哈尔科特港和卡拉巴尔。尼与65家国际航空公司签有航空协议。
